Koliko lider Liste za pravdu i red cijeni što je političko Sarajevo obratilo pažnju na njega govori i to što tvrdi kako su muslimani bili časni ljudi u NDH.
Da bi pred “naletom Dodika” odbranio muslimane u NDH, a vjerovatno i svoja gostovanja u Sarajevu, Vukanović je optužio predsjednika Srpske da ne govori o zločinima Hrvata, nego napada muslimane koji su bili “časni”. Inače, Vukanović se nikada nije pojavio na obilježavanju sjećanja na žrtve ustaškog genocida u Donjoj Gradini u Drugom svjetskom ratu.
“Kao da je Handžar divizija bila 80 odsto NDH i kao da je Handžar divizija koja je učestvovala nažalost u pokoljima nakon kapitulacije 1943. Italije, ali bilo je muslimana koji su imali časnu ulogu i u prošlom ratu. Stotine primjera sam nabrojao. Ovdje je poginuo Ismet Popovac, na putu prema manastiru Duži. Kad su trebali da pobiju Srbe u Konjicu i kad su pozvali ustaše, on je došao i rekao ja sam Srbin da bi.. Bio je gradonačelnik predratni, veoma ugledan, radio je normalizaciji odnosa, bio je antifašista. Mustafa Mulalić i da ne nabrajam dalje.
Istini za volju, Vukanović je licitirao imenima muslimana koji su bili članovi četničkog pokreta Draže Mihailovića. Ono što namjerno ignoriše, a o čemu savremeni istoričari insistiraju da se razgovara, je uloga muslimana u genocidu nad Srbima u NDH.
Istoričar Boris Radaković u svom tekstu o Ulozi muslimana u genocidu nad Srbima u NDH kaže da zvanično Sarajevo, a posebno laička javnost negira neko veće učešće muslimana u Genocidu nad Srbima u NDH. Očigledno, i Nebojša Vukanović pripada toj javnosti.
“Među prvim ubistvima Srba ubrzo nakon uspostavljanja NDH, bilo je ono koje je u Bihaću izvršio ustaški poručnik Himzo Biščević. On je po povratku u rodni Bihać, bez ikakvog razloga, uhvatio šofera Radu Diziju iz sela Meljinovca, zatim zemljoradnike Petra Bojića i Budu Delića iz sela Ružice (danas naselje u Bihaću), ubio ih i zakopao u krugu vojnog logora u Žegaru”, piše istoričar Radaković.
Muslimani ustaše iz sela Kijeva kod Sanskog Mosta, bile su umješane u incident koji je doveo do prvog većeg oružanog otpora Srba na teritoriji NDH, poznat i kao „Đurđevdanski bunt“. Naime, 6. maja 1941. godine, jedna grupa ustaša iz Kijeva pod uticajem Huseina Šabića Salihovog, uznemiravala je srpsko stanovništvo sela Srpsko Kijevo, Kruhari i Tomina. Zalazile su po kućama navodno tražeći sakriveno oružje i domaćinima koju su slavili Đurđevdan psovali krsno slavu, gasili i bacali slavske svijeće, koljivo, hranu, tukli pojedince, pa su seljaci pružili otpor.
Mnogi muslimanski politički i vjerski predstavnici podržali su i ušli u vlast NDH, kao i veliki broj muslimanski intelektualaca koji se stavio na raspolaganje NDH. Hodža Smail Mijakić je 30. maja 1941. godine, predvodeći delegaciju muslimana Bosanske Krupe, predao Paveliću Rezoluciju ispred svojih vjernika u kojoj se između ostalog kaže:
„Vama, Poglavniče, kao nosiocu nove i sretne ere, stavljamo se na raspolaganje, spremni za dom imovinu i živote položiti s tim uvjerenjem, da za nas Muslimane, iza teškog i barbarskog razdoblja, nikada nije kucnuo sretniji čas ni došao ljepši dan, od kada ste Vi, Poglavniče, došli na čelo naroda i države Hrvatske… Svoje oči samo u Vas upiru i svi iz dubine duše mole Boga, da Vas održi zdrava i čila na diku i ponos naroda Hrvatskog te mile nam domovine Slobodne i Nezavisne Države Hrvatske.“
